（綜合中央社、聯合報、ETtoday新聞雲等9家媒體報導）
馬英九基金會今（29）日上午委由律師備妥刑事告訴狀及相關事證，正式向臺灣士林地方檢察署提起刑事告訴，控告前執行長蕭旭岑、員工王光慈二人涉嫌背信、侵占。士林地檢署證實已收到告訴狀，今日將依法分案偵辦。
基金會聲明指出，基於維護基金會權益、公益資產及社會信賴，請求司法機關依法釐清事實。基金會強調，本案已進入司法程序，現階段不便對外說明細節，後續將全力配合調查。
蕭旭岑今早在接受媒體人王淺秋《千秋萬事》廣播節目專訪時得知提告消息，他對此表示「非常遺憾」，並以「悲劇」形容此事，認為對簿公堂「傷害最重的一定是馬英九總統」[6][4]。他質疑有心人士明知馬英九判斷力不同以往，仍讓馬英九「提刀往前衝」，非常不道德[6]。
蕭旭岑強調自己「這一生清清白白、坦坦蕩蕩，沒有拿任何一分不應該拿的錢」，重申「我對得起馬英九總統」[12]。他並表示，如果司法證實他有任何不法，願意辭去國民黨副主席一職，現階段會先向黨主席鄭麗文報告[12]。他也質疑，新北市政府已要求基金會召開董事會釐清，今天的提告究竟是代表董事會還是個人，程序合法性有待了解[19]。
律師黃帝穎分析，前國安會秘書長金溥聰先前在節目上用時序及馬英九帳戶資料打臉蕭旭岑，蕭難逃公益侵占罪及背信罪罪責[11]。
（新增自由時報、聯合報、ETtoday新聞雲等12家媒體報導）
蕭旭岑今受訪坦言，這一年來與馬英九「關係非常不好」，主因是馬英九半年內兩度欲發文「肯定賴清德放棄台獨立場」，被他阻止；他直言賴清德未放棄台獨，但馬說看YouTube有。蕭旭岑也提到，馬英九去年5月要發文肯定韓國瑜去祭孔，但事實上是109年，他不讓馬發，馬非常生氣[27]。此外，周美青說馬英九不能再有公開活動，他告知馬英九，馬大怒：「你是聽他的還是聽我的？」他回：「我聽醫生的」[27]。
聯合報引述法界人士分析，本案刑事定罪面臨三大檢驗：捐款台商已公開澄清款項指名捐給「自然人馬英九」而非基金會；若款項均用於公務支出，難構成侵占；基金會調查報告結論為「無法證明違反財政紀律」，反可能成為被告防禦籌碼[29]。律師郭登富指出，侵占、背信為二審定讞案件，起訴到判決確定約1年左右[20]。
王光慈母親發表公開信，指控女兒遭被迫下跪磕頭、掐脖攻擊，憂鬱症惡化為重度，曾兩度尋短[17][13]。她表示將向台北市勞動局舉報職場霸凌，並循司法途徑救濟。台北市長蔣萬安回應，若有勞工申訴會依規定調查[19]。勞動局長王秋冬則說，目前尚未收到申訴[19]。
國民黨立委羅智強引白居易詩嘆「蝸牛角上爭何事？石火光中寄此身」[10][6]；賴士葆直言「很難過」，盼事件趕快放下[9]。國民黨立委黃健豪憂心，司法正式介入後，基金會運作及人員往來將被全面檢視，恐成政治操作素材[23]。政治工作者周軒形容此舉為「核彈級重傷害」，國民黨2026選情「烏雲滿布」[26][16]。
（新增三立新聞、ETtoday新聞雲、今日新聞等7家媒體報導）
馬英九基金會三人調查小組30日晚間發表聲明，指基金會相關人士未經董事會討論及決議，即逕以基金會名義對蕭旭岑、王光慈提告，即使宣稱受董事長指示，仍屬「未經董事會授權而侵犯董事會職權之舉，應予譴責」[7][5]。調查小組發言人李德維31日進一步表示，此案屬基金會重大事項，應由董事會作成決議，「對於基金會藐視董事會的做法，三人小組表達非常遺憾」[8]。調查小組強調已完成董事會委託之任務，後續將配合司法偵辦，提出調查報告協助釐清真相[7][5]。
律師黃帝穎30日分析，蕭旭岑對收錢的說法至少出現三個版本：第一版稱「不碰錢」，遭基金會公布蕭手捧台商百萬元照片打臉；第二版改口稱馬英九卸任禮遇結束後代收捐款，但金溥聰指出收錢照片在2023年、禮遇結束在2024年，時序不符；第三版則稱賴清德當選後台商怕被「查水錶」不敢捐基金會。黃帝穎指出，依《財團法人法》捐款可匿名，根本無查水表問題，蕭的辯詞「在法律上站不住腳」[3][1]。
前立委邱毅30日發文，引用郭正亮觀點直指提告「一定是金溥聰的主意」，痛批金溥聰「遞刀子給賴清德政府來整死國民黨」[6]。國民黨立委柯志恩則表示尊重調查機制，盼事件儘快釐清，「將公道還給應該被還公道的人」[2]。
導演王小棣30日表示，馬英九主張的「堅持中華民國」是中共不允許的，中共想要新的一批國民黨談判代表[10]。
（新增自由時報、ETtoday新聞雲、三立新聞等7家媒體報導）
政治工作者周軒整理媒體爆料指出，中共中央接獲情報後，研判此風波將擴大成國民黨內路線衝突，影響中方對台布局，因此要求涉台系統「務必保蕭」，以避免衝擊後續兩岸交流。中方透過官媒及自媒體散布「馬辦風波起因於馬英九健康問題」、「金溥聰背後有美國介入」等論述，將事件上綱為「親美反共路線」與「兩岸和合路線」的生死博弈[10][9]。
鏡週刊報導，馬英九基金會歷年捐款帳冊長期存在以「無名氏」或「善心人士」名義列帳的匿名捐款紀錄，2024年回推一年的上百萬元多筆捐款也非台商，明顯打臉蕭旭岑、王光慈「捐款人怕查水表才不入帳」的說詞[9][8]。知情人士透露，蕭、王對部分金流細節始終無法完整交代，馬英九因此堅持移送司法，曾感嘆「只有司法才有能力查出他們在搞什麼」[9]。
王光慈6月1日透過網路方式向台北市勞動局正式提出職場霸凌申訴。勞動局證實勞動檢查處已接獲申訴並派員前往檢查，要求基金會依規定於兩個月內完成調查與處置[7][6]。
前台中市長胡志強1日表示，此事應盡快結束，「周美青會好好解決這個事，大家要相信她」[5]。前立委沈富雄感嘆，這是馬英九辦公室主僕關係的徹底質變，「明君因為變老成了昏君，忠僕變壞成了惡僕」[4]。加拿大約克大學副教授沈榮欽則指出，馬英九與金溥聰的關係受到過度浪漫化，掩蓋了過去台灣國力低潮期的苦痛[1]。
（新增ETtoday新聞雲、TVBS新聞、自由時報等9家媒體報導）
國民黨立委吳宗憲今（2）日呼籲士林地檢署，此案屬民生議題，檢察長不應介入指分給特定檢察官，應採電腦輪分。他並批評台灣已淪為「特定政治傾向的偵查大公開」，公部門才應被究責[12]。
針對鏡週刊報導中共中央曾要求涉台系統「務必保蕭」，蕭旭岑今發布聲明駁斥，強調已請律師蒐證，敬請有心人士與媒體自重，不要利用偵查期間惡意放話[11][10]。他並澄清自己從未被基金會目前主事者約談過，相關報導為不實訊息[6]。
國民黨團書記長林沛祥表示，基金會事情應留在基金會解決，既然已進入司法程序，盼趕快落幕，不應升高為親中或親美路線之爭[8][5]。
（新增自由時報、今日新聞、三立新聞等5家媒體報導）
蕭旭岑今（4）日接受媒體專訪，指控有媒體「疑似用馬辦的訊息做不實陳述」，並再次否認「北京保蕭」傳言，強調「馬英九基金會風波跟北京沒有任何關係」[5]。他重申若涉不法願辭去國民黨副主席，並呼籲有心人士勿在偵查期間對外放話[5]。
針對外界質疑他住在紅樹林觀海豪宅，蕭旭岑澄清「根本不是，完全看不到海」[3]。對於馬英九去年敦煌演講脫稿說「和平民主統一」是否遭中共責備，蕭旭岑否認，稱「遭到責備純屬子虛烏有」，但原規劃的馬英九赴中行程已受風波影響[3]。
律師黃帝穎今再批蕭旭岑，指檢調尚未傳喚，蕭卻拿「偵查不公開」當遮羞布，迴避媒體質疑[1]。
民進黨立委林俊憲分析，此風波是「心中還有中華民國的老國民黨」最後反撲機會，馬英九是少數仍具整合能力的政治大佬，若少了馬，老國民黨將成歷史名詞[2]。
本事件已沉寂，相關脈絡見「相關事件」